C’est le lundi 6 juin 1904 qu’est fondée, à l’Université de Genève, la Société Jean-Jacques Rousseau. Ses statuts, approuvés après une courte discussion, lui enjoignent « de développer et de coordonner les études relatives à Jean-Jacques Rousseau, à son œuvre et à son époque », de publier une édition critique de ses œuvres et de réunir « sous le nom d’Archives Jean-Jacques Rousseau, les manuscrits, imprimés, portraits, médailles, souvenirs et autres documents de toute nature qui se rapportent à cet écrivain. »  La société se propose en outre de publier « un recueil périodique de mémoires et de documents » baptisé Annales de la Société Jean-Jacques Rousseau.

L’un des fondateurs et premier président de la Société n’est autre que Bernard Bouvier (1861-1941), professeur à l’Université de Genève. D’abord agrégé d’allemand, Bernard Bouvier avait succédé en 1895 à Édouard Rod à la chaire de littérature française. Marcel Raymond parle de  « son charme un peu hautain », des « inflexions d'une voix singulière » et rappelle son « accent persuasif ». Président de la Société Jean-Jacques Rousseau depuis sa fondation, en 1904, jusqu’à sa mort, en 1941, Bernard Bouvier a également été président de l’Institut National Genevois et a siégé au Comité international de la Croix-Rouge.

Au moment de sa fondation, il est décidé, en accord avec la Ville de Genève, que la future société se voie attribuer «une salle […] réservée aux Archives Jean-Jacques Rousseau dans le bâtiment agrandi et nouvellement aménagé de la Bibliothèque publique.» Pour le reste, le Conseil administratif se propose de mettre à disposition «un subside assurément modeste » mais appelé à devenir « une allocation régulière, inscrite au budget annuel». 

Plusieurs questions sont posées, entre 1904 et 1918, à Bernard Bouvier et à ses collègues. La première touche à la position de la Société dans le vieux conflit qui agite, depuis la nuit des temps, adversaires et défenseurs de Rousseau: si les premiers, en toute logique, n’attendent rien d’une association vouée à l’étude de Jean-Jacques, les seconds ne comprennent pas le manque d’enthousiasme de Bernard Bouvier, lequel accepte l’adhésion d’antirousseauistes notoires (dont Ferdinand Brunetière) et prône une démarche plus critique qu’apologétique. Une deuxième a trait à la lecture même de l’œuvre de Rousseau, qu’on ne peut, selon certains, pratiquer indépendamment de son emprise idéologique.

Lorsque Marcel Raymond prend, en 1941, la présidence de la Société, vingt-sept volumes des Annales ont déjà paru. Rappelons que Marcel Raymond (1897-1981), successeur d’Albert Thibaudet à l’Université de Genève, a développé, avec Jean Rousset et Jean Starobinski, une nouvelle forme de lecture critique bientôt connue sous le nom d’École de Genève. Son action essentielle reste la préparation des Œuvres complètes de Jean-Jacques Rousseau, qu’il entreprend avec Bernard Gagnebin, et dont le premier volume paraît en 1959. Il est remplacé en 1967 à la tête de la Société par Jean Starobinski.

La Société, ensuite successivement présidée par Alain Grosrichard, François Jacob et Martin Rueff, se propose, pour les décennies à venir, de poursuivre l'étude de l'œuvre du citoyen de Genève et la préservation du patrimoine rousseauiste inscrit au registre Mémoire du monde de l'UNESCO.